Des bâtiments ajoutés au milieu du xix e  siècle à l'ouest du clocher affectent quelque peu l'harmonie architecturale de l'ensemble qui étaient jusque là respectée. On y a installé les musées de la marine et de l'archéologie. Classé monument historique en 1907, le monastère est inscrit...

Il a échappé au séisme de 1755 qui a ravagé Lisbonne mais a été endommagé par les troupes napoléoniennes venues de France qui ont envahi le Portugal au début du xix e  siècle. En 1834, avec l'expulsion de l'Ordre religieux des hiéronymites, l'église Sainte-Marie des hiéronymites...

Le monastère constitue l'œuvre architecturale la plus aboutie du style manuélin. Bénéficiant de l'afflux de richesses à Lisbonne, les architectes purent se lancer dans une œuvre de grande envergure. Diogo Boitaca fut le premier architecte du chantier et adopta dès 1502 le style gothique....